In de Romeinse tijd waren er grote versterkingen rondom de toenmalige Rijnmond, waarvan de overblijfselen nu nog bij Valkenburg te zien zijn. In 752 stak Willibrord met zijn twaalf gezellen vanuit Engeland over om het evangelie te verkondigen aan de hier aanwezigen bewoners van o.a. de kuststreek, met voornamelijk Friezen. Vanuit het huidige Utrecht heeft het Christendom zich in Nederland verspreid en is dit bespoedigd met de komst van de Franken vanuit het zuiden in ons land. De geschreven geschiedenis vermeldt de eerste bouw van een Wassenaarse kerk in 1150, de tijd van de graven van Holland, en in 1275 komt de Dorpskerk als katholieke kerk voor in het register van de leenkamer van Holland.
De reformatie en het beleg van Leiden (1572) waren roerige tijden, waarin de katholieken van Wassenaar hun eigen kerk verloren. Pas in 1654 kwam er weer een schuilkerk, zo ongeveer op de plaats van de huidige Warenar. Deze schuilkerk werd in 1742, met toestemming van de autoriteiten, vervangen door een nieuw gebouw. Dit werd later verschillende keren verfraaid en uitgebreid en er werd een kerkhof bij aangelegd.
De parochie Wassenaar was toen heel uitgestrekt en liep van Katwijk tot aan wat nu ongeveer het centrum van Den Haag is.
In de loop van de 19de eeuw groeide de bevolking van Wassenaar zodanig dat een nieuwe kerk nodig was. Die kerk – dat is de huidige kerk aan de Kerkstraat 77 – kwam er in 1905, onder architectuur van J. Molenaar. Bouwpastoor J. Bruystens betaalde de kosten van fl 120.000 uit zijn eigen middelen. Als ook voor het nu gesloten klooster naast de St Bonifaciusschool.
De groei van Wassenaar maakte het vervolgens nodig om in 1923 en in 1931 twee nieuwe parochies af te splitsen: respectievelijk de Goede Herder en de St Jozef.
Verschillende pastoors, aan wie straatnamen ons nog herinneren, volgden elkaar op in de eerste helft van de twintigste eeuw. Pastoor Wentholt gaf leiding aan de parochie in de periode van vernieuwing na het tweede Vaticaans Concilie. In die tijd werd het Jeroenhuis (Patronaatsgebouw) tot cultureel centrum de Warenar verbouwd en de pastorie verkocht aan de Stichting Wassenaarse Zorgverlening (SWZ) en in eerste instantie verbouwd tot Zorghotel. Een tiental jaren later is hier het Hospice gevestigd.
Onder pastoor Kurvers kreeg het interieur en exterieur van de kerk zijn huidige vorm. Pastoor Sterk volgde hem op als pastoor van de Willibrord alleen. Van 1995 tot en met 2003 was pastoor Van Winkel pastoor van de drie Wassenaarse parochies en herder van de ongeveer 3700 parochianen van de St. Willibrord. Na een korte waarnemingsperiode van pastoor Van Haasteren is op 23 januari 2005 pastoor Hagen geïnstalleerd en werd tevens het voltallige pastorale team voor Wassenaarse parochies gepresenteerd. Pastoor Hagen kreeg van het Bisdom Rotterdam de opdracht om de nieuwe Parochie Augustinus te vormen en te komen tot één centrale kerk in Wassenaar. Toen de huidige Pastoor Franken werd aangesteld trof hij de Parochie Augustinus aan met bewoners uit Katwijk, Oegstgeest, Voorschoten en Wassenaar. In Wassenaar was door het Bisdom gekozen voor de St. Willibrorduskerk als nieuwe centrale katholieke kerk voor Wassenaar. Met dit besluit is vanaf 20 maart 2023 de Jozefkerk aan de eredienst onttrokken en zal in de toekomst dienst gaan doen als Gezondheidscentrum voor Wassenaar. Het verdere gebruik van de Goede Herderskerk is onderdeel van overleg tussen de parochie en het bisdom.